Periodiek voert CIPO onderzoek uit naar de naleving van de gedragscode door de landelijke media-instellingen en de NPO. De bevindingen worden formeel onderdeel van het verantwoordingsdocument dat de NPO op grond van artikel 2.58 van de Mediawet 2008 voor 1 mei stuurt naar het ministerie van OCW en het Commissariaat voor de Media. CIPO voert het onderzoek onafhankelijk van de NPO uit.
Daarnaast voert CIPO bij afzonderlijke media-instellingen of de NPO onderzoek uit naar mogelijke overtreding van de Gedragscode, bijvoorbeeld op klacht of naar aanleiding van andere aanwijzingen.